Yayasan Karmel adalah lembaga sosial dan pendidikan. Lembaga ini didirikan di atas pondasi kepedulian dan semangat keberpihakan terhadap masa depan dan nasib kaum miskin dan tertindas, terlebih mereka yang tinggal di pelosok-pelosok desa.
Pada awal pendiriannya, Yayasan Karmel bernama Carmelistichting. Yayasan ini didirikan oleh Pastor-Pastor Misionaris Karmelit di Jawa pada tahun 1926 dengan akta notaris nomor 31, tanggal 27 Januari 1926, oleh Notaris Maximiliaan Albert Edmond Andela. Selanjutnya, Carmelistichting yang semula dikelola oleh Pastor-Pastor Misionaris Karmelit di Jawa tersebut diserahkan secara penuh dan dikelola secara mandiri oleh Keuskupan Malang. Dalam perjalanan waktu, kemudian nama Carmelistichting yang masih menggunakan Bahasa belanda itu disesuaikan ke dalam Bahasa Indonesia menjadi Yayasan Karmel.
Berbekal visi bahwa Yayasan Karmel sebagai lembaga sosial dan pendidikan Keuskupan Malang terpanggil dalam pencerdasan Anak Bangsa untuk tata kehidupan bersama yang berbudaya berdasarkan kasih dan peduli pada yang miskin, maka Yayasan Karmel mengibarkan sayapnya pada wilayah Pembantu Gubernur Malang, Pembantu Gubernur Besuki, dan Pembantu Gubernur Madura. Wilayah kerja Yayasan Karmel mencakup seluruh wolayah Keuskupan Malang, termasuk tiga wilayah eks karesidenan. Dari seluruh wilayah tersebut, terdapat sembilan belas Daerah Tingkat II yang tercakup di dalamnya. Dengan demikian sebagian besar sekolah-sekolah Yayasan Karmel berada di daerah kecamatan dan desa, dan hanya sekitar 25% yang berada di pusat kota, kabupaten, dan kotamadya.
SMP Katolik Santo Petrus Jember merupakan salah satu sekolah yang berada di bawah naungan Yayasan Karmel Malang. Terletak di jantung kota Jember, SMP Katolik Santo Petrus Jember yang berdiri sejak 11 November 1949 adalah sekolah ke-51 yang didirikan oleh Yayasan Karmel. Pada awal berdirinya, SMP Katolik Santo Petrus disebut juga Sekolah Bersubsidi karena disubsidi oleh Keuskupan Malang. Selain itu, awalnya murid yang bersekolah di SMP Katolik Santo Petrus adalah murid laki-laki. Maka, hingga sekarang SMP Katolik Santo Petrus dikenal dengan SMPK Putra, meskipun saat ini peserta didiknya laki-laki dan perempuan.
Salah satu Sekolah Menengah Pertama tertua di Kota Jember, SMP Katolik Santo Petrus Jember memiliki visi Terwujudnya manusia yang beriman, berbudi pekerti luhur, cerdas dan terampil. Melalui visi tersebut, SMP Katolik Santo Petrus Jember memiliki cita-cita bahwa siapa pun yang pernah mengenyam pendidikan di SMP Katolik Santo Petrus Jember dapat menjadi manusia yang beriman, berbudi pekerti luhur, cerdas, dan terampil.
Berpayung moto Iman, Harapan, dan Kasih, SMP Katolik Santo Petrus Jember yang terdiri dari 13 guru dan 7 karyawan ini memiliki iman yang kuat sehingga mampu mendidik, membimbing, serta mendampingi para peserta didik dengan penuh kasih dan pada akhirnya harapan yang baik pula akan didapatkan.
DAFTAR NAMA KEPALA SEKOLAH
Tahun 1949 - 1952 : Ali Ashar
Tahun 1952 - 1965 : TH. Soengedi
1 November 1965 - 16 Juli 1983 : A. Soedarsono
18 Juli 1983 - 1 Agustus 2006 : JB. Siswadi
Tahun 2006 - 2008 : Suster Valeria, H. Carm.
Tahun 2008 - 2016 : Drs. Martinus Asyhudi
1 September 2016 - 31 Januari 2021 : Drs. Mateus Sarjiya
1 Februari 2021 - sekarang : Dra. Irmina Danar Krisnawanti